Ab 1840 zogen gläubige Männer durch das Aaretal und gründeten an verschiedenen Orten Bibelstunden. Daraus entstand 1848 die Freie Evangelische Gemeinde in Münsingen. Von Anfang an hatte die Gemeinde verschiedene Aussenposten, welche sie betreute. Ab 1886 stellte die Gemeinde einen Pfarrer an, ab 1903 waren es meistens zwei, um die vielen Aussenposten zu betreuen. 

Das Gebäude am Sonnhaldeweg 2 wurde 1906 bezogen. Darin befand sich neben den Gemeinderäumlichkeiten auch ein Erholungsheim. Das wurde später dann geschlossen und es entstanden Wohnungen im Gebäude. 

1910, als der Bund der Freien Evangelischen Gemeinden in der Schweiz gegründet wurde, schloss sich die FEG Münsingen diesem an und war so mit anderen Gemeinden freundschaftlich verbunden. Diese Verbundenheit spiegelte sich auch vor Ort, indem die Gemeinde immer wieder mit anderen Freikrichen zusammen gearbeitet hat und dies immer noch tut.